Компромисс, на котором зиждилось новое государство, отражал интересы верхушки всех трех основных общин Малайи. ОМНО согласилась с требованием КАМ предоставить гражданство всем детям, родившимся от проживавших в независимой стране родителей, но добилась осуществления особых прав коренного населения, в частности, привилегий при приеме на учебу, приоритета в получении лицензий и кредитов на предпринимательскую деятельность и введения единого обучения на малайском языке, который признавался национальным. В государственном аппарате малайцев должно было быть в 4 раза больше, чем немалайцев. При этом китайские и индийские предприниматели и торговцы сохранили господствующее положение в экономической жизни страны. Опираясь на достигнутый компромисс, СП выиграла всеобщие выборы 1959, завоевав 74 из 104 мест в Палате представителей. Правительство проводило политику, направленную на поощрение экономического развития страны. Оно стремилось к диверсификации хозяйства, привлечению иностранных капиталовложений, осуществлению индустриализации и расширению производства на экспорт. Внешнеполитический курс независимой Малайи в рассматриваемый период ориентировался на бывшую метрополию. В стране сохранялись британские военные базы и войска, английские офицеры и чиновники занимали командные посты в армии и должности в государственном аппарате. Малайя опиралась на договор об обороне и взаимной помощи с Великобританией.
В 1961 премьер-министр Малайи Абдул Рахман выдвинул план объединения Малайской федерации, а также остававшихся под верховной властью Великобритании Сингапура, Сабаха, Саравака и Брунея в Федерацию Малайзия. После длительных переговоров такое государство было образовано 16 сентября 1963 (без участия Брунея). Создание Малайзии вызвало недовольство и противоборство со стороны соседей – Индонезии и Филиппин, которые претендовали на Северный Калимантан. Обе страны разорвали дипломатические отношения с Малайей, а Индонезия провозгласила начало кампании «Сокрушим Малайзию» и приступила к военным действиям, которые носили ограниченный характер и в 1964 после посредничества США были приостановлены. Переворот в Индонезии в 1965 привел к прекращению противостояния, в 1966 Индонезия и Филиппины договорились о нормализации отношений. Общее урегулирование было ознаменовано образованием в 1967 Ассоциации стран Юго-Восточной Азии (АСЕАН) с участием Индонезии, Малайзии, Филиппин, Сингапура и Таиланда. Ситуация в самой Малайзии оставалась неспокойной. Вскоре после ее образования обострились отношения между лидерами Малайи и властями Сингапура, которые добивались равноправия китайского населения и экономических льгот для своего города. Правящая в Сингапуре Партия народного действия (ПНД) стремилась распространить свое влияние на всю Малайзию и начала создавать отделения по всей стране. Хотя СП удалось в 1963 выиграть выборы в Палату представителей от Саравака и Сабаха, а в 1964 – от Западной Малайзии (бывшей Малайи, где она получила 89 из 104 мест), малайскую верхушку все более тревожила активизация ПНД. Она предпочла «отпустить» Сингапур, и 9 августа 1965 тот вышел из состава Малайзии, став независимым государством.
Тем не менее, межобщинные разногласия в стране нарастали. Малайские националисты требовали перераспределить национальный доход и экономическую власть в пользу коренного населения, а у немалайцев, требовавших «малайзийской Малайзии», вызывало протест политическое господство малайцев. Китайские националисты не соглашались мириться с второстепенным положением в государственном аппарате страны. Они подвергли резкой критике закон о языке, принятый в 1967, после истечения десятилетнего срока использования английского языка в качестве официального. Отныне официальным языком страны становился малайский. Немалайские партии, особенно оппозиционная Партия демократического действия (ПДД), не только требовали языкового плюрализма, но и добивались отмены привилегированного положения малайской общины. На выборах в Палату представителей от Западной Малайзии 10 мая 1969 СП достались лишь 66 из 104 мест, ПДД получила 13. Однако в таких штатах, как Перак, Пинанг и Тренгану, победа досталась оппозиции. 13 мая 1969 немалайские общины провели в Куала-Лумпуре крупную демонстрация, празднуя отступление СП. Малайские националисты организовали контрдемонстрацию. Между участниками шествий начались кровавые столкновения. Их с трудом удалось подавить при помощи войск и полиции. В стране было введено чрезвычайное положение, и реальная власть перешла из рук правительства к Национальному оперативному совету (НОС)во главе с заместителем премьер-министра Тун Абдул Разаком (в 1970 занял пост премьер-министра). С целью восстановить национальное единство была принята новая государственная идеология – «рукунегара», которая ставила общенациональные цели превыше общинных. Направляя усилия на достижение большего единства всех народов Малайзии, власти приступили к долгосрочной социальной, экономической и политической перестройке общества с целью формирования к 1990 «нового малайзийца». Средством осуществления этой программы стала Новая экономическая политика (НЭП), направленная на обеспечение хозяйственного роста, устранение экономического неравенства между этническими группами и искоренение бедности.
После отмены чрезвычайного положения в начале 1971 парламент страны принял закон о поправках к конституции. В соответствии с ними, обсуждение конституционных разделов, касавшихся государственного статуса малайского языка и привилегий малайцев, запрещалось. Коренные жители Сабаха и Саравака получали те же права и привилегии, что и малайцы. Любые изменения конституции и законов о правах этнических групп могли осуществляться только с согласия Совета правителей штатов и при одобрении двумя третями голосов в обеих палатах парламента. Лидерам ОМНО удалось навязать гегемонию малайцев лидерам других общин страны. На этой основе они создали к 1974 новую правящую коалицию – Национальный фронт (НФ), в который были привлечены не только прежние партнеры по СП, но и ранее оппозиционные партии (за исключением ПДД и некоторых небольших организаций). Всеобщие выборы в августе 1974 принесли фронту полную победу – 135 из 154 мест в Палате представителей. Абдул Разак сформировал коалиционное правительство НФ.
В начале 1970-х власти столкнулись с новыми проблемами – активизацией партизанского движения КПМ и студенческими волнениями в 1974–1975. Студенческий союз был распущен, а студентам запрещено участвовать в политической деятельности. После смерти Абдул Разака в январе 1976 пост премьер-министра и лидера ОМНО занял Датук Хуссейн бин Онн. Он сумел нейтрализовать крайних малайских экстремистов в руководстве собственной партии. Но уже в 1977 между ним и Исламской партией (ПАС) разгорелась острая борьба. Воспользовавшись расколом в ПАС в Келантане, премьер-министр ввел в штате комендантский час и перебросил туда войска и полицию. Поскольку ПАС голосовала против введения чрезвычайного положения в Келантане, она была исключена из НФ, а ее министры подали в отставку. Выборы в штате в 1978 принесли поражение ПАС и победу НФ. Всеобщие парламентские выборы 1978 закончились новой убедительной победой НФ – его партиям достались 131 место из 154. Ведущая оппозиционная ПДД завоевала 16 мест, ПАС – 5. Экономические и социальные проблемы страны, рост имущественного неравенства вызвал в конце 1970-х – начале 1980-х распространение недовольства среди части малайзийского общества. Активизировалась деятельность экстремистских исламских сект и миссионерских организаций, требовавших введения законов шариата. Мусульманские фанатики напали в 1978 на индуистский храм, а в 1980 – на полицейский участок. ПАС оказала поддержку протестам крестьян Кедаха, которые добивались повышения закупочных цен на рис.
Стремясь ограничить исламскую оппозицию, власти создали специальную правительственную группу по делам религии, ввели контроль над пропагандой ислама, запретили преподавателям высших учебных заведений заниматься политикой, ограничили контакты мусульманских групп с зарубежными организациями и провели аресты некоторых экстремистов. Уступая требованиям китайской общины, ОМНО согласилась со значительным увеличением мест в университетах для студентов-немалайцев. Во второй половине 1970-х продолжали активно действовать повстанцы из КПМ. Численность их отрядов оценивалась в 3 тыс. чел. С 1977 силы безопасности Малайзии провели вместе с таиландскими войсками серию карательных операций против партизан в районе общей границы. В 1978–1979 были осуществлены аресты школьников, обвиненных в принадлежности к КПМ. Одновременно были усилены военные операции против повстанцев на Северном Калимантане вместе с войсками Индонезии.
В июле 1981 после отставки Хуссейна бин Онна по состоянию здоровья пост премьер-министра занял Дато Сери Махатхир Мохамад (1981–2003). В 1969 он выступал с позиций малайского шовинизма, но, придя к власти, стал продолжать политику своих предшественников. С правлением Махатхира Мохамада связана определенная модернизация малайзийского общества. Правительство взяло курс на укрепление порядка в области производства и общественной жизни, повышение эффективности административного аппарата, усиление борьбы с коррупцией. НФ одержал убедительную победу на всеобщих выборах в 1982 и 1986, завоевав, соответственно, 132 из 154 и 148 из 177 мест. Были приняты меры по упрочению влияния властей в мусульманской среде. В 1983 правительство создало Исламский банк, был организован международный Исламский университет, где велись исследования в области «мусульманской цивилизации». Ежегодные темпы экономического роста в 1980-х достигали 8%. На основе программы НЭП была разработана платформа «Перспектива 2020», в соответствии с которой Малайзия должна войти в число государств, обладающих развитой экономикой. Принципиальной особенностью нового подхода следует считать перенос центра тяжести на выпуск продукции электронной промышленности. Малайзия приступила к выполнению программы по охране окружающей среды и сбережению природных ресурсов. Динамичное развитие страны позволило несколько ослабить социальные проблемы, что привело к концу 1980-х к прекращению повстанческого движения КПМ. Распад КПМ облегчил внутренние противоречия и расколы в ее рядах. В 1987 прекратила борьбу одна из фракций – КПМ (марксистско-ленинская), а в декабре 1989 после совместных операций малайзийских и таиландских войск сложила оружие основная группировка КПМ (1100 бойцов). На Северном Калимантане в 1990 было достигнуто соглашение о прекращении огня с местной компартией.
Парламентские выборы 1990 снова принесли победу правящей коалиции, получившей 127 из 180 мест, но одновременно усилилась и оппозиция. В штате Келантан к власти пришла Исламская партия ПАС. В Сабахе правившая с 1985 Объединенная партия объявила о своем выходе из НФ. Центральные власти арестовали брата главного министра штата, обвинив его в сепаратистском заговоре, а самого министра Джозефа Паирина Китингана в коррупции. В ответ правительство Сабаха заявляло о намерении пересмотреть свое присутствие в Малайзии; был приостановлен экспорт древесины из штата. Однако в марте 1994 НФ удалось восстановить контроль над штатом, расколов Объединенную партию. В январе 1993 власти страны объявили об отмене привилегий султанов. В мае 1994 парламент Малайзии принял поправки к конституции, которые ограничивали полномочия верховного правителя. Отныне монарх не имел права отказываться подписать закон, принятый парламентом, или возвращать его на повторное рассмотрение. На досрочных выборах 1995 НФ получил 162 из 192 мест в Палате представителей. ПДД потерпела тяжелое поражение: она завоевала 9 мест (вместо прежних 20). 7 мандатов достались ПАС.
В 1998 Малайзия тяжело пострадала от острого финансового и экономического кризиса в Азии. Экспорт страны сократился на 7%, импорт – на 26%. Безработица выросла с 2,5 до 8%. Правительство приняло жесткие меры, связанные с расширением государственного вмешательства в хозяйственную жизнь. Оно ввело контроль над вывозом капиталов и перемещением финансовых средств и прибегло к массированному поощрению внутреннего спроса и потребления.С помощью неокейнсианских методов правительству удалось к 2000 стабилизировать экономическое положение. Разногласия относительно мер по выходу из кризиса вызвали острое противостояние в руководстве страны. В сентябре 1998 Махатхир Мохамад уволил и исключил из ОМНО своего заместителя и предполагаемого преемника – министра финансов Анвара Ибрагима. Новым заместителем главы правительства стал прежний министр иностранных дел Абдуллах Ахмад Бадави. После крупных демонстраций в поддержку смещенного министра Анвар Ибрагим был арестован, обвинен в коррупции и гомосексуальных связях и в апреле 1999 приговорен к 6 годам тюремного заключения, а в 2000 – еще к 9 годам. Оппозиция сплотилась в поддержку Анвара Ибрагима и потребовала отставки премьера и проведения политических реформ. Жена осужденного политика Ван Азиза Ван Исмаил возглавила новую политическую партию – Партию национальной справедливости (ПНС). Однако на всеобщих выборах 1999 победа досталась НФ, его кандидаты собрали 57% голосов (на 6% меньше, чем в 1995). 148 из 193 мест в Палате представителей достались НФ, 42 – оппозиционному «Альтернативному фронту» в составе ПДД, ПАС и ПНС. ПАС не только сохранила власть в Келантане, но и смогла возглавить правительство в Тренгану. После выборов кабинет подавил протесты оппозиции. В 2000 был арестован ряд ее ведущих деятелей – заместитель председателя ПДД Карпал Сингх (защитник Анвара Ибрагима), заместитель председателя ПНС Марина Юсоф и издатель печатного органа ПАС «Харака» Зульфикли Сулонг. Была закрыта оппозиционная газета «Детик». В 2003 Махатхир Мохамад осудил политику США на Ближнем Востоке и посылку американо-английских войск в Ирак. Незадолго до своей отставки он выступил также с резкими антисемитскими заявлениями, что вызвало протест оппозиционной ПДД. Как и было раннее запланировано, в 2003 Махатхир Мохамад ушел с поста премьер-министра. Новым главой правительства Малайзии стал Абдуллах Ахмад Бадави